Покупатель согласно договора перечислил аванс (по условиям аванс по мере выполнения списывается пропорционально), продавец дал счет-фактуру на аванс, покупатель полностью на всю сумму аванса сделал у себя вычет по НДС. Продавец выполнил часть работ и выдал покупателю счет-фактуру на услуги, по сумме превышающие авансовый платеж и сделал вычет выданного аванса полностью. А покупатель, принявший полностью к вычету авансовый счет-фактуру, при получении счета-фактуры на услуги, восстановил НДС таким образом как он понял из условий своего договора - пропорционально. Получено требование что сумма вычета у одного не соответствует сумме восстановления у другого. Кто прав? Нигде в НК РФ нет ссылок и указаний на пропорциональные списания-восстановления авансов.
Если честно, то я бы тоже сделала как и продавец - самый безопасный вариант для всех и менее запутанный.
А в целом следует исходить из условий договора и указания назначения платежа в платежном поручении. Налоговой нужно, чтобы суммы совпадали, в противном случае, как в Вашем, будут приходить требования.
Если у Вас учет ведется по одному договору, то и зачет авансов будет происходить в хронологическом порядке без учета Спецификаций или партий товара (этапов работ). НДС здесь считать будет достаточно просто. Во всяком случае в программе, вручную сейчас мало кто этим занимается. Если же учет ведется в разрезе Спецификаций, то там конечно возможен зачет авансов в разрезе каждой Спецификации. Но это достаточно трудоемкий способ - нужно будет сопоставлять авансы и отгрузки и отслеживать НДС с них.
А в целом следует исходить из условий договора и указания назначения платежа в платежном поручении. Налоговой нужно, чтобы суммы совпадали, в противном случае, как в Вашем, будут приходить требования.
Если у Вас учет ведется по одному договору, то и зачет авансов будет происходить в хронологическом порядке без учета Спецификаций или партий товара (этапов работ). НДС здесь считать будет достаточно просто. Во всяком случае в программе, вручную сейчас мало кто этим занимается. Если же учет ведется в разрезе Спецификаций, то там конечно возможен зачет авансов в разрезе каждой Спецификации. Но это достаточно трудоемкий способ - нужно будет сопоставлять авансы и отгрузки и отслеживать НДС с них.