ИП на ПСН (магазин продукты), сопутствующий доход от сдачи макулатуры нужно облагать...

Патент Вы наверняка приобрели только на розничную торговлю. Сбор отходов (в т.ч. бумажных, т.е. макулатуры) - это другой вид деятельности, см. подп. 60 п. 1 ст. 346.43 НК РФ и на него также можно приобрести патент. Если же Вы его не приобрели, тогда да, эти доходы придется облагать по иной системе налогообложения (общей или упрощенной) до покупки патента.