Да. Зачет сумм излишне уплаченных федеральных налогов и сборов, региональных и местных налогов производится по соответствующим видам налогов и сборов, а также по пеням, начисленным по соответствующим налогам и сборам (п. 1 ст. 78 НК РФ). НДС относится к федеральным налогам, как и налог на прибыль (ст. 13 НК РФ). Поэтому зачет возможен.
А возможно сделать взаимозачет с переплаченной прибыли на НДС?