Трудовой договор составлен что оплата в месяц будет равна 50000 руб. Работник отработал 7 мес. и...

Да, работодатель обязан был удерживать НДФЛ, так как являлся налоговым агентом (см. ст. 226 НК РФ). Работник должен был получать «на руки» сумму за вычетом НДФЛ. За то, что компания не удержала НДФЛ, ее могут оштрафовать в размере 20% от суммы, которую она должна была удержать и перечислить в бюджет. Об этом сказано в ст. 123 НК РФ. Кроме этого, будут начислены пени. Советуем вам направить налоговому органу и физическому лицу уведомления о невозможности удержания НДФЛ с работника, который уже у вас не трудится.