Подскажите пожалуйста, может ли организация на ОСНО, уплатившая косвенный налог при ввозе товаров...

Да, можно заявить налог к вычету. Если соблюдаются условия (п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ): 1. Товары были приобретены для НДС-облагаемых операций. 2. ТМЦ поставлены на учет. 3. Уплачен ввозной НДС. 4. Ввезенный на территорию РФ товар должен использоваться исключительно внутри страны. 5. У импортера есть документальное подтверждение уплаты таможенного НДС. Заявление о ввозе товаров с отметкой контролеров должно быть зафиксировано в книге покупок с указанием номера платежки на перечисление НДС в бюджет. Вычет заявляют в обычной (квартальной) декларации в строке 190 раздела 3. Если сумма начисленного за квартал НДС меньше, чем сумма вычетов, то полученная разница подлежит возмещению из бюджета. То есть, ее перечислят на расчетный счет организации.