При внутреннем аудите ооо вышло так что применялись кассы без регистрации которые являлись...

Использование кассы, не зарегистрированной в ФНС (даже если это «клон» другой кассы), — это нарушение порядка применения ККТ. За это предусмотрена ответственность по ст. 14.5 КоАП РФ. Для организации штраф составит от 75 до 100% от суммы расчётов без зарегистрированной ККТ, но не менее 30 000 рублей. Для должностного лица (директора, главбуха) — от 25 до 50% от этой суммы, но не менее 10 000 рублей.
Поскольку выручка не отражалась в учёте, возникает риск занижения налоговой базы (по налогу на прибыль, УСН и т.п.). Если это выявит налоговая при проверке, компанию оштрафуют по ст. 122 НК РФ — минимум 20% от суммы недоплаченного налога. Если докажут умысел — штраф вырастет вдвое (до 40%).
Далее:
1. Выявить чеки по реальным операциям;
2. Сделать чеки коррекции на "нормальной" кассе;
3. Подготовить пояснения в виде объяснительной записки. В документе чётко укажите: почему возникла ситуация (например, «касса-дублёр использовалась по ошибке, так как основная была в ремонте/на обслуживании», «произошёл сбой в синхронизации учётной системы»), какие операции корректируются, какие суммы. Это покажет добросовестность.
4.После формирования чеков коррекции рекомендуется в течение трёх рабочих дней направить в налоговый орган сообщение о факте нарушения и его исправлении. Это можно сделать через личный кабинет ККТ на сайте ФНС. Ключевое условие для освобождения от штрафа: на момент отправки сообщения у ФНС не должно быть сведений о нарушении (не было предписания, контрольной закупки). Если инспекция уже начала проверку и выявила проблему — шанс избежать штрафа существенно ниже.