Прогрессирующая шкала по НДФЛ с 2025 года была с поправками по регионам, т.е для Якутии например,...

Никаких отдельных «региональных поправок» не существует — закон федеральный, единый для всех регионов Крайнего Севера, включая Якутию.

Конкретные нормы, на которые нужно опираться:

п. 6.2 ст. 210 НК РФ — выделяет районные коэффициенты и северные надбавки в отдельную налоговую базу
п. 1.2 ст. 224 НК РФ — устанавливает для них двухступенчатую шкалу: 13% до 5 млн рублей, 15% свыше 5 млн рублей

Районный коэффициент и северная надбавка — отдельная база по двухступенчатой шкале:
- до 5 млн ₽ - 13%
- свыше 5 млн ₽ -15%

Но... Если работодатель платит сверх законодательной нормы с превышения НДФЛ считается по общей шкале (13–22%);