Если работник не может вернуться из-за границы в связи со сложной эпидемиологической ситуацией, причины отсутствия на работе уважительные. И поскольку это не является прогулом, уволить его по инициативе работодателя нельзя. Это подтверждает Роструд на сайте онлайнинспекция.рф.
Пока работник не вернулся и письменно не объяснил причин своего отсутствия, в табеле учета рабочего времени следует ставить ему неявки по невыясненным причинам. На это также указывали в трудовом ведомстве.
После возвращения его могут отправить на две недели в карантин. В этом случае больничный он получит дистанционно, а пособие за этот период ему выплатит ФСС. Но для этого вы должны предоставить в ФСС реестр. Об этом — в письме ГУ - МРО ФСС РФ от 16.04.2020 № 03-10/03-1953.
Порядок действий работника и работодателя при карантине подробно описан в КонсультантПлюс. Получите пробный доступ к правовой системе бесплатно и переходите в Готовое решение.
Как оплачивается больничный в обычных ситуациях, см. здесь.