А вы домом в деревне сколько времени владели? Потому что если срок владения больше минимального (3 или 5 лет), то доходы от продажи облагаться НДФЛ не будут. Если срок владения меньше минимального, тогда Вы можете уменьшить доходы от продажи дома на сумму расходов по его приобретению или на имущественный вычет в 1 млн руб. Вычет по приобретаемому имуществу составляет 2 млн руб. и зависит от того, воспользовались ли Вы этим вычетом ранее.
Оценка при продаже не поможет поскольку она не отражает тех расходов, которые Вы понесли при приобретении дома. Что касается вычета 1 млн руб., то его возможно применять всякий раз при продаже имущества, если Вы не можете применить вычет в виде расходов, понесённых на приобретение этого имущества. Но нужно понимать, что за вычет Вы использовали в 550 р.
Жду ответ на вопрос:продала дом в деревне за 2.9 мил.руб. и хочу купить квартиру в городе за 3...