Нет, в этом случае заявление на зачет не требуется. Заявление на зачет необходимо только для фиксированных взносов ИП, срок уплаты которых приходится на 31 декабря и 1 июля. Страховые взносы за работников Вы указываете в уведомлении об исчисленных суммах ЕНП и у них другие сроки уплаты, именно на этом основании происходит уменьшение суммы налога по УСН.
Подскажите пожалуйста, а ООО на УСН (доходы) тоже подает заявление на зачет (для уменьшения УСН)...