Мне не понятно о зачете транспортного налога с системо й платон. Я ИП по грузоперевозкам на ЕНВД,...

Уменьшение транспортного налога на плату в систему «Платон» для физлиц (в т.ч. зарегистрированных в качестве ИП) является льготой по транспортному налогу (ст. 361.1 НК РФ) и не зависит от применяемого налогового режима. Чтобы воспользоваться этой льготой, нужно подать в инспекцию заявление и документы, подтверждающие право на нее, в том числе документ о размере платы за год. Тогда годовой налог инспекция посчитает с ее учетом. Использование льготы – это Ваше право, а не обязанность. Если о ней не заявить, инспекция не должна применять ее самостоятельно и просто предъявит Вам налог к уплате в полной сумме. Что касается уже уплаченных сумм, Вы, безусловно, вправе их вернуть. Однако заметим, что «авансовый» механизм для плательщиков транспортного налога - физлиц НК РФ не предусмотрен. Поэтому мы не уверены, что инспекция квалифицировала эти платежи именно как авансы. Возможно, возвращать их придется не как излишне уплаченные, а как ошибочные суммы. А от квалификации зависит в том числе форма заявления на возврат. Для возврата излишне уплаченных налогов заявление подается по форме Приложения № 9 к приказу ФНС от 03.03.2015 № ММВ-7-8/90@. По ошибочно перечисленным суммам – в свободной форме. За разъяснением порядка возврата Вам лучше обратиться в ИФНС.