Подскажите пожалуйста как поступить в данной ситуации:ИП 2 сотрудника находились целый месяц в...

Даже если сотрудники вернут деньги в кассу предприятия, ККТ применять не нужно. Поскольку это возврат ошибочно выданного аванса, а не расчеты с покупателями за проданный товар. В назначении платежа пусть работники укажут "возврат ошибочно переведенной зарплаты" ну или что-то в этом духе. И все.
Проводки Вы наверное не делаете? Или делаете? Тогда записи внесите так: Дт 76/прочие Кт 51 - перевод ошибочных сумм на карты работников, Дт 51 Кт 76/прочие - возврат от работников. Если будут возвращать наличкой, тогда вместо счета 51 используйте счет 50.