А склады и помещения используются непосредственно в Вашей предпринимательской деятельности. Если да, то не вижу препятствий у тому, чтобы учесть эти расходы при расчете НДФЛ. Правда остается еще один нюанс - а кому принадлежит это имущество. Если Вам или Вы его арендуете и у Вас имеется заключенный договор аренды, то все нормально. Правда при аренде опять же нужно смотреть, какой ремонт - текущий или капитальный. В общем, очень много нюансов.
ИП на ОСНО. Можно ли учитывать расходы на ремонт складов и помещений при расчете 3 НДФЛ