Я ИП из России, работаю по УСН 6%- приобрел товар у ИП из Беларусии, так же работает по УСН. В...

Первая фраза статьи, под которой вы оставили свой вопрос: "При ввозе товаров из Белоруссии российский импортер обязан уплатить ввозной НДС". А второе: "Исключений ни для кого не делается: в данном случае налогоплательщики платят НДС независимо от выбранной системы налогообложения". Нужно смотреть только на импортируемый товар - возможно вы ввозите то, что освобождено от НДС.

Да ИП на УСН при ввозе товаров из РБ платит НДС 20% ( обычно так, смотрите в зависимости от вашего товара).
Там же схема такая, ваш продавец из РБ уже оплатил эти 20% с товара на таможне и далее ждет подтверждения от налоговой РФ, чтобы вернуть эти деньги обратно.

Тоже ИП и нет дополнительных программ, для отчетности использовала сервисы:
1. Скачиваете программу ТС-Обмен НП на сайте налоговой. Это для оформления заявления о ввозе. Сохраняете заявление на флешке в формате XML ( чтобы сохранить треугольник вверх) плюс 4 Копии на бумаге и документы подтверждающие импорт ( спасибо за статью, помогли разобраться выше!)
И относите в вашу налоговую. Через время они вам вернут с печатью эти распечатки.
2.Устанавливайте вашу цифровую электронную подпись. Дополнительно покупала ее.
3. Теперь устанавливайте программу Налогоплательщик ЮЛ ( тоже на сайте налоговой) и заполняете декларацию по косвенным налогам. Формируйте контейнер, отдельно сохраните этот файл на флешке.
4. Заходите на сайт налоговой для передачи этой декларации удаленно ( как раз тут понадобится цифровая подпись), файл должен быть контейнер иначе не даст прикрепить. И следите за статусом обработки декларации.

Все, надеюсь сберегу вам нервы, время и деньги. Всем удачи!