За использование топлива(г.с.м.) на поездки в личном автомобиле по служебным делам производят...

От НДФЛ освобождены все виды компенсационных выплат (в пределах норм), установленных в соответствии с законодательством и связанных с исполнением трудовых обязанностей (абз. 9 а. 3 ст. 217 НК РФ). Для целей исчисления НДФЛ нормы компенсации за использование личного автомобиля сотрудника не установлены. Статья 188 ТК РФ, которая обязывает организацию выплатить сотрудникам компенсации за использование личного имущества, также не содержит никаких ограничений в отношении их размеров. В ней сказано лишь, что размер возмещения расходов, связанных с использованием имущества сотрудника, определяется по соглашению сторон трудового договора. Таким образом, компенсацию за использование личного автомобиля сотрудника не нужно облагать НДФЛ в пределах суммы, указанной в письменном соглашении между сотрудником и работодателем. Президиум ВАС РФ в Постановлении от 30.01.2007 N 10627/06 по делу N А32-35519/2005-58/731 также указал, что компенсация работнику за использование личного транспорта в служебных целях не облагается НДФЛ в размере, установленном организацией и работником. Аналогичной позиции придерживается Минфин России, однако при этом он отмечает, что у организации должны иметься документы, подтверждающие принадлежность используемого имущества налогоплательщику, а также расчеты компенсаций и документы, подтверждающие фактическое использование имущества в интересах работодателя, а также документы, подтверждающие суммы произведенных в этой связи расходов (Письма Минфина России от 30.04.2015 № 03-04-05/25434, от 27.02.2013 № 03-04-06/5600, от 21.12.2012 № 03-04-06/3-357). Поэтому мы считаем, что удержание НДФЛ с суммы компенсационных выплат неправомерно, при условии их правильного оформления.

Если это оформляется как доплата, то НДФЛ УДЕРЖИВАЕТСЯ В РАЗМЕРЕ 13%.
Советую оформлять маршрутный лист и авансовый отчет, тогда расходы по ГСМ будут прямыми затратами на производство, а вы будете получать ВОЗМЕЩЕНИЕ ВАШИХ РАСХОДОВ, а не доплату, которое НДФЛ не облагается.