Если пациент не может предоставить чеки за предыдущие два года, нет договора-утеряны, не помнит...

У медорганизации должна остаться база договоров, и кассовые документы, на их основании. Строго говоря от пациента должно быть только заявление, все остальное - изобретение медорганизаций, ни на чем не основанное.
"2. Справка заполняется на основании заявления физического лица (его супруга/супруги) о выдаче Справки, оплатившего медицинскую услугу (далее - налогоплательщик), за запрашиваемый налоговый период (год), в котором оказывалась медицинская услуга и в котором осуществлялись соответствующие расходы на оказанные медицинские услуги налогоплательщику, его супругу (супруге), родителям, детям (в том числе усыновленным) в возрасте до 18 лет (до 24 лет, если дети (в том числе усыновленные) являются обучающимися по очной форме обучения в организациях, осуществляющих образовательную деятельность) и подопечным в возрасте до 18 лет (бывшим подопечным после прекращения опеки или попечительства, обучающимся по очной форме обучения в организациях, осуществляющих образовательную деятельность, в возрасте до 24 лет).\2