Комплект документов предоплатой в принципе не является. Предоплата - это ситуация, когда деньги пришли раньше, чем осуществилась отгрузка. В ситуации, приведённой Вами, имеет место постоплата. Момент выставления счета не имеет никакого значения.
Нет, это вообще не ошибка. Все эти моменты должны быть прописаны в договоре. Мы, например, всегда счета выставляем до отгрузки и до принятия товара покупателем, потому что мы работаем по предоплате. И даже если с кем-то будем работать с постоплатой, то счёт мы выставим раньше, чем выпишем накладную или акт, чтобы хотя бы зарезервировать товар.
Счет выставлен 2 марта, акт выставлен 3 марта, оплата прошла 5 марта. Является ли данный комплект...