Ответ на этот вопрос вновь решил дать Минфин (письмо от 30.08.2016 № 03-07-11/50432). Но, похоже, это у него не получилось.
Однозначного вывода в письме нет. С одной стороны, в нем указано на возможность зачета между федеральными налогами, коими являются и НДС, и НДФЛ. С другой – говорится о запрете на уплату «агентского» НДФЛ за счет собственных средств агента. Пояснять, как именно нужно трактовать эти нормы во взаимосвязи, ведомство не стало.
Не добавят конкретики и прежние разъяснения. В наиболее позднем из них чиновники разрешили зачет переплаты по налогу на прибыль в счет недоимки по НДФЛ.
Подробнее см. «Зачет переплаты по налогу на прибыль в счет недоимки по «агентскому» НДФЛ – Минфин меняет курс».
Однако ранее Минфин не раз менял точку зрения. Попробуйте попросить о зачете. Вдруг получится. Тогда поделитесь опытом с нами и другими читателями – в комментариях.