По НК РФ срок на возврат переплаты по налогам ограничен 3 годами (п. 7 ст. 78 НК РФ). Но это не мешает вам обратиться за возвратом позже. Только делать это придется через суд и с соблюдением правил ГК РФ об исковой давности.
Согласно ст. 196 ГК РФ отсчет срока исковой давности идет с момента, когда вы узнали или должны были узнать о нарушении своего права (ст. 196 ГК РФ). Докажите, что узнали о переплате позже, или убедите судей в том, что срок на возврат пропустили по уважительной причине, и деньги вернут (письмо Минфина от 17.11.2017 № 03-02-08/75912).
Но прежде чем идти в суд, подайте заявление в налоговую. Досудебный порядок обязателен (п. 33 постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 № 57).
Наши рекомендации по составлению и подаче заявления на возврат платежей ищите в этой статье.