Если переплата и недоимка возникли у вас по налогам, которые учитываются на разных КБК, зачисляются в разные бюджеты, в разных пропорциях и в разные сроки, то наличие переплаты по одному налогу не освободит от начисления пеней на недоимку по другому. Это подтвердил ВС РФ в Определении от 05.08.2015 № 304-КГ15-8368, рассмотрев ситуацию с переплатой по НДФЛ и недоимкой по УСН.
Скорее подавайте заявление о зачете, тогда пени перестанут «капать» в день принятия инспекцией зачетного решения.
Обратите внимание! Заявление о зачете подается по утвержденной форме – см. «Появились формы заявлений на зачет/возврат переплаты по налогам».