Если ваша организация уже выдала доверенность лицу на представление интересов в отношениях с государственными/негосударственными учреждениями, и отдельно не выделила представление интересов в отношениях с налоговыми органами, такая доверенность не теряет своей силы. Если налоговики будут настаивать на обратном, то вы можете пояснить, что полномочия представлять интересы налогоплательщика в отношениях с налоговыми органами не являются специальными, требующие обязательного отражения в доверенности. Формулировка в доверенности представителя о праве на представление интересов организации во всех государственных/негосударственных учреждениях и получения документов являются достаточными. С таким подходом согласился суд в Постановлении Арбитражного суда Центрального округа от 11.08.2014 N А48-3229/2013. Поэтому есть шанс, что ваша налоговая инспекция прислушается к данным аргументам.
Если же вы еще доверенность не выдали, то безопаснее в ней указать на представление интересов в отношении с налоговыми органами. Так вы избежите лишних споров с налоговыми органами.
См. также наш материал "Вправе ли лицо, имеющее общую доверенность без указания на возможность представления интересов налогоплательщика в налоговых органах, получать уведомление о рассмотрении материалов проверки?".