Конечно, учитываются, это же заработная плата за отработанное время. Посмотрите Положение о порядке исчисления среднего заработка, утв. Постановлением Правительства РФ от 24 декабря 2007 г. № 922. В п. 2 Положения приведены все виды выплат, которые необходимо учесть в расчетах. Также проглядите эту статью, она Вам наверняка будет очень интересна.
Учитываются ли в расчётах отпускных оплаты за переработки?