Вы же доходы и расходы в налоговом учете при УСН не по выписанным отгрузочным документам учитываете, а по оплате. Разве нет? Поступили деньги от покупателя, в том числе и по этому заказу, это доход. Поэтому ваш вопрос несколько не корректен - счета-фактуры в принципе не формируют базу по доходам.
ООО на УСН, по необходимости выписана сч ф,,сдана НД, учитывать ли эту сч ф при усн( за минусом...