Отсутствие на р/с денежных средств компании никак не останавливает налоговую в реализации права начисления штрафов, пени, а в случае решения ликвидации, все равно их уплатить придется (с неприятными пени и штрафами). Поэтому рекомендую изучить раздел пополнения ЕНС (ООО или ИП) для дальнейшего списания в адрес ФНС в установленный законом срок.
Платить обязательно. Иначе будут пени и штраф. Где взять деньги - каждый решает сам. Целью такого нововведения было - закрыть недействующие ООО.