Нет, невозможен.

Если подадите заявление, «мониторить» будут компанию полностью. Попросить проводить мониторинг выборочно, к примеру, только по НДС, нельзя.

На это обратила внимание ФНС в письме от 30.05.2016 № ЕД-4-15/9597.

Что такое налоговый мониторинг и кто может им воспользоваться, см. здесь.