Если имеющаяся у вас переплата больше суммы недоимки по налогу, штраф за неуплату по ст. 122 НК РФ не взимается. Если меньше – его определяют из суммы, на покрытие которой переплаты не хватило. Такие разъяснения дала ФНС РФ в Письме от 22.09.2015 № СА-4-7/16633.
В этом Письме вопрос о штрафе ФНС рассматривала в связи с незаконным возмещением НДС. Статья о нем есть на нашем сайте - «Что такое незаконное возмещение НДС и какая за это ответственность?».
А о налоговой недоимке вы можете узнать из нашей статьи «Недоимка по налогам — что это такое и какие последствия?».