Кто и как платит НДС

Здравствуйте, подскажите пожалуйста, заключен договор между ООО применяющее УСН и Администрацией на аренду имущества. Через определенный промежуток времени налоговая просит у ООО представить декларации по НДС и оплатить с арендной платы правомочны ли требования?

Добрый день.

При аренде муниципального имущества у органа власти арендатор является налоговым агентом. В качастве агента он должен удержать из арендной платы НДС, перечислить удержанный налог в бюджет и представить декларацию по НДС. Система налогообложения арендатора значения не имеет 

П. 2 ст. 346.11 НК РФ предусмотрено, что применение упрощенной системы налогообложения организациями предусматривает их освобождение от уплаты НДС, за исключением, в том числе, также налога, уплачиваемого в соответствии со статьями 161 НК РФ.

Последняя статья в свою очередь регулирует уплату НДС налоговыми агентами, п. 3 которой гласит:

"При предоставлении на территории Российской Федерации органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов Российской Федерации и муниципального имущества налоговая база определяется как сумма арендной платы с учетом налога. При этом налоговая база определяется налоговым агентом отдельно по каждому арендованному объекту имущества. В этом случае налоговыми агентами признаются арендаторы указанного имущества, за исключением физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями. Указанные лица обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога."

Добавлю, что арендатор сам выписывает счет-фактуры при такой аренде

По-хорошему, НДС надо было перечислять в бюджет, а арендатору перечислять арендную плату за минусом налога. Сейчас получится так, что Вы НДС платите за счет собственных средств, что для Вас как бы ни есть хорошо. Было Определение Верховного суда, в котором выражена позиция о правомерности уплаты НДС налоговым агентом за счет собственных средств. Судьи решили, что арендатор при желании может обратиться к арендодателю даже через суд о возврате таких средств. Но как их вернуть, мне кажется, не знает никто.