П. 2 ст. 346.11 НК РФ предусмотрено, что применение упрощенной системы налогообложения организациями предусматривает их освобождение от уплаты НДС, за исключением, в том числе, также налога, уплачиваемого в соответствии со статьями 161 НК РФ.
Последняя статья в свою очередь регулирует уплату НДС налоговыми агентами, п. 3 которой гласит:
"При предоставлении на территории Российской Федерации органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов Российской Федерации и муниципального имущества налоговая база определяется как сумма арендной платы с учетом налога. При этом налоговая база определяется налоговым агентом отдельно по каждому арендованному объекту имущества. В этом случае налоговыми агентами признаются арендаторы указанного имущества, за исключением физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями. Указанные лица обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога."