Я неправильно рассчитала нашему бывшему сотруднику больничный в прошлом году и только сейчас...

По идее вам нужно сделать доплату за весь период, в котором работник недополучил сумму пособия. Пособия по временной нетрудоспособности выплачиваются из двух источников – средств работодателя и средств ФСС. Сумму пособия, подлежащую доплате  нужно распределить между этими источниками его финансирования.

Также при неполной выплате заработной платы и других денежных сумм, причитающихся работнику, работодатель несет материальную ответственность в виде уплаты процентов (денежной компенсации) в размере не ниже одной сто пятидесятой действующей в это время ставки рефинансирования Центрального банка РФ от невыплаченных в срок сумм за каждый день задержки (ст. 236 ТК). Период начисления данной компенсации охватывает время, начиная со следующего дня после установленного срока выплаты по день фактического расчета включительно. Причем обязанность выплаты денежной компенсации возникает независимо от наличия вины работодателя, то есть причины возникновения допущенной ошибки в данном случае значения не имеют. Они могут повлиять лишь на решение работодателем вопроса о привлечении к ответственности сотрудников, по вине которых данная ошибка была допущена.

С другой стороны санкций со стороны ФСС за занижение пособий не предусмотрено вроде как, во всяком случае я ничего не нашла по этому поводу. Вообще работодатели при недоплате пособия редко обращаются в ФСС, чаще сотрудники находят какие-то ошибки в расчетах пособий и обращаются в ФСС сами. По поводу уволившегося сотрудника, то наверное стоит его хотя бы попробовать разыскать хотя бы для успокоения совести.

Будете доплачивать – будете платить с суммы доплаты НДФЛ.