Да, стоит письменно объяснить, что вы не использовали право на вычет по первому жилью, поэтому вправе получить его по второму объекту. Пусть налоговая докажет обратное.
Как я понимаю, бремя доказывания в данной ситуации лежит на налоговых органах, а не на налогоплательщике.
Лариса_М_М, вы по какой причине не обращались за вычетом? Может были в декрете, или не работали официально. То есть не имели источника дохода, облагаемого по ставке 13%, поэтому в принципе не могли обратиться за вычетом.