Если вы не заявляли на вычет по первому жилью (то есть не использовали своё право на вычет в 2005-2006), то вправе получить этот вычет по второму. Факт продажи никак на это не влияет.
Если сохранились декларации супруга за 2005-2006, попробуйте обратиться с ними в свою налоговую инспекцию и объяснить ситуацию.