На основании чего так считает Ваш бухгалтер? Ваш доход = стоимость турпакета за минусом...

А я считаю, что в доходах вам следует учитывать всю выручку от реализации туристических услуг, включая агентское вознаграждение (п. 1 ст. 346.15 и п. 2 ст. 249 НК РФ). Такой же подход применяется, даже если посредник перечисляет вам сумму за минусом своего вознаграждения. Это подтверждает Минфин России (см., например, письма от 28.07.2014 № 03-11-11/36937 и от 21.01.2013 № 03-11-06/2/06). При этом доходы вы отразите кассовым методом - на дату получения денежных средств от агента (п. 1 ст. 346.17 НК РФ).

Все дело в том, что в п. 1 ст.346.15 НК РФ установлено, что индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, при определении объекта налогообложения учитывают доходы от реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав, определяемые в соответствии со статьей 249 Кодекса, и внереализационные доходы, определяемые в соответствии со статьей 250 Кодекса.

Согласно статье 249 Кодекса доходом от реализации признаются выручка от реализации товаров (работ, услуг) как собственного производства, так и ранее приобретенных, выручка от реализации имущественных прав. При этом выручка от реализации определяется исходя из всех поступлений, связанных с расчетами за реализованные товары (работы, услуги) или имущественные права, выраженные в денежной и (или) натуральной формах.

В соответствии со статьей 990 ГК РФ по договору комиссии одна сторона (комиссионер) обязуется по поручению другой стороны (комитента) за вознаграждение совершить одну или несколько сделок от своего имени, но за счет комитента. Вы в данном случае являетесь комитентом. По сделке, совершенной комиссионером с третьим лицом, приобретает права и становится обязанным комиссионер, хотя бы комитент и был назван в сделке или вступил с третьим лицом в непосредственные отношения по исполнению сделки.

При этом согласно пункту 1 статьи 996 ГК РФ вещи, поступившие комиссионеру от комитента либо приобретенные комиссионером за счет комитента, являются собственностью последнего.

В соответствии с п. 1 ст. 346.17 НК РФ датой получения доходов у налогоплательщиков, применяющих УСН, признается день поступления денежных средств на счета в банках и (или) в кассу, получения иного имущества (работ, услуг) и (или) имущественных прав, а также погашения задолженности (оплаты) налогоплательщику иным способом (кассовый метод).

Учитывая изложенное, вашим доходом, как комитента, полученным в рамках договоров комиссии, признается вся полученная вами сумма денежных средств, включая комиссионное вознаграждение комиссионера.

Датой получения доходов для вас будет являться день поступления указанных средств на счета в банках и (или) в кассу вашего ООО.

Пп. 2 п.2 ст. 346.17 НК РФ установлено, что расходы по оплате стоимости товаров, приобретенных для дальнейшей реализации, учитываются при налогообложении по мере реализации указанных товаров.

Расходы на оплату товаров, предназначенных для дальнейшей реализации, признаются в составе расходов при исчислении налога по УСН после фактической передачи товаров покупателю независимо от того, оплачены они покупателем или нет.

Если вы будете учитывать в доходах только сумму фактически поступивших денежных средств (т.е. за минусом вознаграждения агента), вполне вероятны споры с налоговиками вплоть до судебных разбирательств. Правда, положительные судебные решения по данному вопросу есть (см., например, постановление ФАС Уральского округа от 20.05.2008 N Ф09-9602/07-С3).