Скорее всего да, нужно делать все, что вы написали (если только не найдете клининговую компанию без НДС).
Есть прецеденты, когда такого рода возмещения признавались компенсацией расходов и НДС по ним платить не требовалось. Но случаи касались расходов, которые являлись обязательными, например обязательного страхования объекта, по которому договор заключал один совладелец, а остальные компенсировали каждый свою часть страховых платежей. При этом сами совладельцы не имели возможности выполнить требования своими силами. Но наем клининговой компании для группы арендаторов - это не тот случай. Компании могли нанять сотрудников для уборки, например.
Поэтому посоветую вам готовиться к раздельному учету НДС, но, на всякий случай, задать вопрос ФНС. Лучше письменно и получить письменный же ответ. В письме укажите, что как такового дохода небудет, а по факту будет иметь место компенсация другими арендаторами совместных расходов на обеспечение состояния помещения соответствующего условиям договора аренды (там наверняка есть подобные требования). В зависимости от того, что ответят, и действуйте далее.