Здравствуйте, Марина права, уточненные декларации решат ваш недочет.
Можно, конечно, приложить к одной из деклараций пояснительную записку, но делать это совсем не обязательно. Вот если налоговый инспектор попросит от вас пояснений, тогда их и представите.
Чаще народ наоборот пытается доказать, что недвижимость не использовалась в предпринимательской деятельности. Но, это когда недвижимость в собственности более минимального срока владения для физических лиц, и НДФЛ от ее продажи уплачивать не нужно. 
А в вашем случае, скорее всего, пояснения в последствии тоже потребуются, так как налог УСН с продажи меньше, чем НДФЛ. Вы же, наверное 6% будете платить? Или 15, за минусом пенсионных взносов?