Давйте-ка по порядку.
1) ИП регистрируется по месту жительства. Если ИП меняет место жительства официально - информация о смене адреса проживания автоматом попадает в ФНС и она сама переводит ИП между инспекциями (со старого адреса на новый). Никакой повторной регистрации ИП не требуется. Отсюда Вариант 1: оформить официально смену адреса ИП.
2) Судя по функционалу, кроме ДКС ровно с таким же успехом можно подключить ИП к любому оператору ЭДО. Даже получше будет, поскольку ДКС относительно новая разработка ГНИВЦ (часто с маленько не оттуда растущими руками у программеров), а большинство популярных оператров работают уже давно и успешно.
3) Ну и Вариант 3 - самый проходной! Сдавать вовремя отчетность ИП и платить налоги и взносы в срок! И тогда никаких штрафов выписывать не станут.