С 1 января 2002 года понятия общий трудовой стаж нет. Сейчас важен страховой стаж, то есть тот, когда ваш работодатель, или вы сам, как ИП, уплачивали страховые взносы за вас.
Теперь на размер пенсии влияет не стаж, не заработок, а только реально уплаченные в Пенсионный фонд РФ страховые взносы.
И как ИП вы должны были их уплачивать, и стаж должен быть вам зачтен.
Если по какой-то причине взносы не были вами уплачены, то ПФР вас уже затаскал бы по судам. И такой стаж точно не будет учтен при расчете пенсионных выплат.