То есть, вы ИП, принимаете на работу других ИП с патентами? На мой взгляд, да и сами вы пишите, что "работник был уволен", ваши отношения называются трудовыми, а договоры об оказании услуг были заключены лишь для видимости. Инспекция может прийти к выводу, что ИП создал схему незаконного уклонения от уплаты зарплатных налогов и страховых взносов, доначислить из исходя из МРОТ.
как можно обосновать то что патент не продлен? Никак! Работник ваш ИП, с дня, следующего за окончанием патента работает по ОСНО. Должен будет по окончании года подать декларацию 3-НДФЛ и заплатить 13% от суммы дохода за эти два месяца. Должен отчитаться по НДС за два первых квартала и заплатить НДС 20% с суммы уже предоставленных услуг, и страховые взносы за себя в обычном режиме. Надеюсь у вашего работника ИП нет имущества, которое используется в предпринимательской деятельности.