В таком случае, стойте на своем!
В вашем случае, земельный участок находился в собственности более минимального срока(три года по наследству), а это дает право на безналоговую продажу. Оформление построек — менее минимального срока.
Соответственно, доход в виде стоимости земельного участка не должен облагаться НДФЛ, а доход от продажи построек будет подлежать обложению НДФЛ.
В вашем договоре купли-продажи земельного участка с постройками, что очень важно, дожно быть разделение общей цены на стоимость земельного участка и стоимость каждой постройки.
В противном случае есть риск, что вся сумма продажи участка и недвижимости может быть признана налогооблагаемым доходом, то есть минимальный срок владения налоговые органы могут отсчитывать от последней из дат, которой является дата регистрации домов.
Если такое разделение есть, а в вашем вопросе есть на это указание, то смело стойте на своем!