Киол1982, вы можете заплатить страховые взносы и с расчетного счета, например по дату подачи заявления, затем как физ. лицо доплатить за ИП. А можете после получения выписки оплатить сразу всю сумму взносов с личного счета или даже наличными через банк, указав свое ИП. Многие предприниматели вообще не имеют специального ИПшного счета в банке и всегда оплачивают и взносы, и налоги личными средствами. Тут никаких проблем не вижу.
Связываться с переплатами не советовала бы. Оно вам надо, бегать потом за своими же деньгами? И вовсе не обязательно уплачивать взносы до подачи декларации нулевой. Они же никак не повлияют на уменьшение налога, т.к. его попросту нет.