Чтобы отозвать ЭЦП нужно написать заявление в удостоверяющий центр. Форму вам выдадут при обращении в удостоверяющую организацию. Что-то типа: «Прошу аннулировать сертификат ключа электронной подписи с «...» реквизитами, выданный на имя «…» в связи с ...». Подпись и ФИО владельца, дата, место печати (для организации).
Но, так как ликвидатор и учредитель одно дицо, возможно в удостоверяющем центре изменить информацию о владельце ЭЦП. Вместо директор указать ликвидатор. Но, с уверенностью на этом настаивать не могу. Опыта такого не было.