Vit, в описанном вами случае, более выгодно работать на УСН "Доходы минус расходы", там можно доходы уменьшить на затраты, понесенные при выполнении работ.
При объекте налогообложения "Доходы", все денежные средства, перечисляемые заказчиком, расцениваются как доход исполнителя и облагаются по ставке 6%.