Автора вопроса интересует как быть с НДС и Прибылью?
В первую очередь попробовать запросить сланную отчетность в налоговой (благо, Книги покупок/продаж являются неотъемлемой частью декларации) Сопоставьте данные в отчетности с данными в базе. Если выручка в базе есть, но в декларации не отражена - безопаснее сдать корректировки, уплатив пени. По Прибыльной декларации: я бы так же сопоставляла данные в приложениях к листу 2 декларации с оборотами после закрытия кварталов. Судя по тому, что не начисляли амортизацию, а остаточная стоимость ОС присутствует, надо начислить амортизацию. Если она в налоговом учёте фигурировала (ОС более 100 000₽), при доначислении расходы увеличатся, налоговая база уменьшится. То же самое произойдёт с доначислением зарплаты, налогов с ФОТ и проведением АО.
По ТМЦ надо провести инвентаризацию, доложить о результатах руководству и привести в соответствие с фактическими данными. За счёт чего - пусть решает руководство.