ООО на УСН в течении года переводила по зарплатному проекту средства на карту руководителя, в...

С директором заключен трудовой договор? Если да и если он наемный работник, то вы должны были ему платить хотя бы МРОТ. Сами подумайте - кто готов трудиться безвозмездно?
Если директор - учредитель, то возможно и избежать проблем. Специалисты Минфина считают, что единственный учредитель организации, который сам же выполняет функции генерального директора, не может заключить сам с собой трудовой договор. И, как следствие, такой руководитель компании не вправе сам себе начислять и выплачивать заработную плату. Поскольку зарплата - это вознаграждение за труд, которое выплачивается работнику в соответствии с заключенным трудовым договором. Это мнение Минфин России высказывал уже неоднократно (письма от 17.10.2014 № 03-11-11/52558 и от 19.02.2015 № 03-11-06/2/7790).
Это что касается НДФЛ, а вот со страховыми все иначе:
Руководитель организации, являющийся единственным учредителем компании, должен быть застрахован по всем видам обязательного страхования. Так, на случай болезни или в связи с материнством он страхуется на основании 255-ФЗ. В системе обязательного пенсионного страхования директор страхуется на основании 167-ФЗ. И в системе обязательного медицинского страхования - 326-ФЗ. Поэтому страховые взносы за гендиректора, который одновременно является и единственным учредителем фирмы, платить необходимо. Такой вывод содержит письмо Минтруда России от 05.05.2014 № 17-3/ООГ-330.

А что касается подтверждения расходования денежных средств, то должны быть отчеты о выдаче денежных средств для их траты и соответственно платежные документы.