Вы имеете право получать вычет со всех доходов, обложенных по ставке 13%. Вычеты типа А и Б по инвестсчету - это немного другое.
Доход по брокерскому счету облагается по ставке 13%. Доход задекларирован. Вполне можете применять имущественный вычет при покупке жилья.
Советую ничего не менять в справке и сдать как посчитала программа. Скорее всего, все правильно. А если все-таки нет - налоговая это выявит при камеральной проверке и скорректирует сумму к возврату.