В саму декларацию лезть не нужно. Там получилась сумма к возврату, как и должно было быть. Что ж поделать, если вы не исполнили свои налоговые обязательства в срок. Власть все равно свое возьмет. Пусть уж так, чем через суд, например. Так хоть без госпошлины получится.
Перезаполнить нужно только заявление, и лучше даже не в составе декларации, а отдельным документом, ведь декларация прошла уже камеральную проверку, сумма подтверждена.