Vit, а вы согласны с задолженностью? Или у вас есть аргументированное, документально подтвержденное доказательство того, что задолженности нет?
Если задолженность есть, и часть вычета зачли в счет этого долга, напишите новое заявление (не декларацию 3-НДФЛ, а заявление к ней!) на возврат оставшейся после зачета суммы.
Если с задолженностью не согласны, подтвердите этот факт в налоговой и заявление не переписывайте, если вы его вообще подавали. Случается такое, что забывают о заявлении. А ведь там указываются реквизиты для перевода денег. Без заявления налоговая вообще ничего не переведет.