1. Баланс не может быть нулевым, там есть хотя бы уставной капитал. Написали бы просто, что организация не ведет ФХД.
2. Если вы сами сделаете отчет, сохраните его в формате XML, и обратитесь в фирму-посредник (если своей ЭЦП нет, конечно), то отправка готового файла обойдется в районе 300 рублей.
3. Все остальные отчеты можно отправлять по почте. Если, конечно, по НДС вы отчитываетесь в единой упрощенной декларации.