Да, в номере документа при заполнении заявления просто ставите номер 1. В программе Налогоплательщик ЮЛ есть возможность заполнить такое заявление для 2019 и 2020 года, выбирая вручную документ КНД 1150058. В более ранние периоды вы не сможете заполнить заявление в налогоплательщике, т.к. его там просто нет.
Контейнер требует реквизиты усиленной квалифицированной электронной подписи, и отправляет отчет через операторов электронного документооборота. Я пользуюсь этим, когда отправляю отчетность предприятия.
Вам же советую сохранить каждый документ в многостраничном формате (эта функция доступна, когда перейдете на печать), и загрузить в электронном виде пакеты документов по каждому году в личном кабинете.