Романыч, По первому вашему пункту в дискуссию вступать не буду. Бог его знает о чем они там думают, когда законы пишут... И, понятное дело, нюансов возникает в вопросах покупки/обмена/продажи жилплощади огромное множество...
А вот по второму вопросу поспорю.
Продавать-то отдельными долями не обязательно, а вот учитывать при расчете налога обязательно. Вычет для каждого отдельного продавца используется только один! Нельзя сразу для одного объекта использовать и имущественный вычет размером в 1 млн. рублей и вычесть расходы, понесенные вами при приобретении объекта недвидимости. Тут или или, выбираете что выгоднее в конкретной ситуации.
И, если жилплощадь, приобретенная за 1 млн, продана за 1,5, и при этом невыдержан минимальный срок владения и оформлена она в совместную собственность, то вычет можно получить только один. И это будет 1 миллон рублей (в данном примере хоть расходы на покупку, хоть имущественный вычет). А с оставшихся 500 тысяч рублей налог выплатить все же придется...