"Влияет ли еще одна собственность супруга на единственное жилье и владение 3 года?" - Влияет на налог мужа с продажи своей доли, он будет должен его заплатить. На налог жены влиять не должно, не совместно нажитое. Но вы опять не указали когда наступило право собственности на проданную в январе 20 года квартиру. До 01.01.2016 года, или после... И как она была приобретена (по договору купли-продажи или подарена вам...).
На кофейной гуще не гадаем...
"Еще одна ситуация: если кватира куплена за 1.1 млн.р. в долях 1/2 и менее 3 трех лет продана за 1,5 млн.р. Кадастровая стоимость также 1.1 млн.р. Если брать наибольшую выгоду с продажи 1.5 млн.р., то есть по 750 т.р. на долю, можно ли применить -1 млн.р.? Чтобы избежать налог..." Вычет в данном случае применить можно каждому из супругов, вы же каждый свою долю продавали, и оба можете воспользоваться своим правом.